Freihof wurde im Spätmittelalter errichtet. Während der Belagerung Klosterneuburgs durch den ungarischen König Matthias Corvinus im Jahr 1477 wurde das Gebäude jedoch größtenteils zerstört. Erst 1630 wurde Freihof wieder aufgebaut, es folgten mehrere Besitzübernahmen, Sanierungen und Erweiterungen. 1955 ging das Haus zurück in den Besitz des Stifts Klosterneuburg. Aus dieser Zeit stammt das Wappen des damals herrschenden Propstes über dem Hauseingang. In den 70er-Jahren folgten Sanierungsarbeiten der Fassade.
2020 begann Herbert Bau mit den Grundsanierungsarbeiten des leer stehenden Gebäudes. Ziel ist es, Freihof originalgetrau wiederaufzubauen und es gleichzeitig mit modernsten Standards und höchstem Wohnkomfort auszustatten.